O Microthemer não é uma ferramenta com o propósito de personalizar páginas; o objetivo dele é modificar visualmente os elementos já existentes da página e que o editor/addon não tenha opção de fazer, mas ele não é capaz de acrescentar ou excluir nada da página (embora possa esconder qualquer coisa, essa coisa continuará existindo e sendo carregada, apenas não estará visível). Na minha opinião ele deve ser usado única e exclusivamente para modificar elementos que não podem ser modificados diretamente pelo editor (ou tema) e por isso é importante esgotar todas as configurações do widget antes de usar o Microthemer.
O Elementor é um editor extremamente poderoso e possui uma ampla possibilidade de configurações visuais, praticamente excluindo a necessidade de usar o Microthemer. Existem apenas algumas pouquíssimas configurações visuais em alguns widgets do Elementor que não podem ser alteradas e nesse caso sim você poderia usar o Microthemer.
Em resumo: use sempre o editor para fazer as alterações visuais e o Microthemer apenas se não encontrar alguma alteração muito específica. Mas recomendo pesquisar se realmente esta alteração não é possível ser feita pelo Elementor antes de usar o Microthemer.
Extra: se você concluir os três primeiros módulos do curso de HTML5 + CSS3 do Curso em Vídeo, você será capaz de resolver mais de 95% da demanda por conta própria usando o CSS adicional do próprio Elementor; os outros 5% precisará consultar pela internet/chatgpt como fazer; não será mais necessário o uso do Microthemer e ele será totalmente opcional. Por exemplo, eu estava desenvolvendo um site modelo e resolvi adicionar o efeito blurry (borrar) no background do menu para mobile; essa opção não existe nativamente no widget que usei então precisei usar CSS adicional e para isso fiz uma pequena pesquisa rápida no site da MDN
