RodrigoTorres particularmente eu prefiro trabalhar com um banco para cada site, assim se ocorrer algum problema com o banco de dados apenas um site será afetado e o desepero será menor 😅. Mas creio que o isolamento de dados possa trazer mais segurança; caso alguém maliciosamente consiga acesso ao db, você terá dados de vários sites disponíveis para essa pessoa executar suas ações maliciosas se usar um único db.
Também creio que tenha uma questão de desempenho por trás e se ocorrerem muitas requisições simultâneas dos diversos sites pode trazer problemas, então tem uma questão de escalabilidade. Além disso se for fazer migração ou backup é mais simples com bancos separados.
Tem uma pequena possibilidade de algum plugin acabar usando o mesmo prefixo de tabela no seu funcionamento e gerar conflitos (acho difícil mas não impossível).
Acho que a maior desvantagem seria o gerenciamento porque seriam vários bancos para manusear, e também de você precisar de mais bancos do que seu plano de hospedagem oferece se você tiver muitos sites/apps.
