Junior não há diferença nenhuma no resultado final no que se refere a backups especificamente (no caso se migração sim tem diferenças). Creio que a maior diferença esteja na forma como restaurar um backup, em que o Updraft permite você restaurar as coisas “separadamente”; ele cria arquivos separados como uploads, plugins, temas, banco de dados e outros, o que pode facilitar e agilizar bastante uma restauração. Por exemplo, supondo que um problema ocorreu logo após atualizar algum(uns) plugin(s), você pode restaurar apenas os arquivos de plugins.
Mas em geral você pode usar qualquer plugin de backup de sua preferência, sendo o Duplicator uma opção muito boa. Independente do plugin utilizado, recomendo que mantenha uma rotina de backups consistente para evitar perdas de trabalho em caso de problemas com o site (principalmente se você mantiver as atualizações automáticas ativas).
