Junior olá Júnior.
As configurações são diferentes e, no geral, não dão o mesmo resultado visual, embora em algumas situações possam parecer visualmente que tem o mesmo efeito (telas pequenas, mobile). Na print coloquei o seguinte exemplo:

Temos dois contêineres com dois infoboxes dentro. O primeiro infobox de cada container está configurado com largura 100% e o segundo com a opção em linha (auto). Os elementos configurados com 100% são obrigados a ter o tamanho completo do container enquanto os que estão configurados com em linha (auto) vão ajustar o conteúdo automaticamente podendo, mas não obrigatoriamente, compreender 100% do container, só vai ter 100% se o conteúdo tiver tamanho suficiente.
Em um terceiro container, com largura de 1200px coloquei mais três elementos configurados em linha auto e um qurto elemento com largura 100% para ver a referência da largura do container.

Os elementos que estão configurados com em linha (auto) sempre se ajustam de acordo com o conteúdo em seu interior.
No caso de dispositivos com telas pequenas (mobile), no geral colocar largura 100% ou então em linha (auto) acaba tendo o mesmo resultado, salve exceções com elementos muito pequenos que não tem tamanho suficiente para cobrir todo o conteúdo horizontal.
Esse é o resultado em mobile:

O resultado é basicamente o mesmo, mas isso porque o conteúdo é suficientemente grande para caber na tela toda. Abaixo vou colocar um exemplo onde configuro dois infoboxes com em linha (auto) e outros dois com largura 100% e tiro o conteúdo de texto dos parágrafos dos dois primeiros elementos ams mantenho nos dois últimos. Isso faz com que o resultado fique diferente porque não há conteúdo suficiente para cobrir a tela toda no primeiro elemento.

Em resumo, são configurações diferentes que podem em algumas situações apresentar mesmo resultado visual, mas que dependendo da situação poderá não ficar conforme o desejado. Nesse caso é só ajustar as configurações escolhendo a configuração ideal de acordo com o layout desejado.