hmagnani também seria interessante verificar a configuração de gerenciamento de estoque do WooCOmmerce indo em WooCommerce ➡️ Configurações ➡️ Produtos, nas opções de estoque, depois gerenciar estoque. Pode ser que o tempo de retenção do estoque esteja muito baixo. Caso esteja com um valor relativamente alto, é possível que esteja tendo algum problema no plugin de Pix que não está fazendo a comunicação corretamente após realizar o pagamento e não está atualizando o status do WooCommerce

Caso o valor esteja baixo, se o WooCommerce não detectar o pagamento dentro desse tempo, o pedido é cancelado e os produtos escolhidos voltam ao estoque, por isso é importante verificar essa conf.