IsaKarpinski vejo duas alternativas principais:
1 - fazer no mesmo site, o que vai dar algum trabalho para conseguir gerenciar corretamente as páginas e separar os layouts, principalmente se as configurações de fontes e botões tiverem que ser diferentes, mas é possível fazer. A vantagem dessa instalação e que vai ficar mais leve pois terá apenas uma instalação.
2 - fazer uma instalação de outro site apenas para a loja em um subdomínio, como loja.seu-dominio.com.br ou em um sudiretório como seu-dominio.com.br/loja. A vantagem dessa instalação é que todas as configurações de ambos os sites serão distintas, ficando muito fácil gerenciar os layouts distintos do site institucional e da loja, mas a desvantagem é o peso que isso irá refletir nos recursos da hospedagem.
Tenho ideias de como ajudar em ambas as situações. Qual delas você prefere fazer?
