Netdia geralmente não é uma boa ideia mexer no .htaccess a menos que você esteja enfrentando algum problema de acesso ao site, redirecionamento indevido ou então de vulnerabilidade. Se não for esse o caso, melhor não mexer nesse arquivo.
Mas os plugins de segurança costumam sim mexer no .htaccess para adicionar recursos de proteção. Se você não estiver seguro quanto às linhas do arquivo, uma coisa que poderia fazer para “reescrever” esse arquivo seria, primeiro fazer uma cópia de segurança, depois criar um novo .htaccess colocando as informações padrão que são encontradas no site oficial, e depois desativar os plugins de segurança, reativá-los e fazer o “wizard” de configurações desses plugins como o All In One, o Really Simple SSL e quaisquer outras ferramentas de segurança que utilize. A princípio eles irão reescrever as regras no arquivo.
Se eles criarem/criaram as regras, então é sim importante você manter elas sim para que a segurança do site seja aprimorada.
